于学术目的的不同，当时发掘过程中并没有针对每一块骨骼标本进行出土坐标的记录，也就是说我们无法重现用来测年的骨骼标本与陶片的出土位置关系。当然从原理上来讲，保证样品是同层位的实际上就是保证了样本是同时代的，但确实没有足够的证据可以排除地层堆积过程中可能存在的自然过程或者动物行为等的影响，比如，水的作用可能会将洞(外不同时期的东西带入洞内形成地层，或者是老鼠打洞，把上面地层的陶片带入了下面的地层当中等等。当然一个好的发掘过程是可以排除上述干扰的，但是当时的吴小红拿不出证据。
　　几年后，吴小红参加了由北京大学、湖南省考古研究所与哈佛大学组成的中美联合研究项目，在湖南道县玉蟾岩遗址进行考古研究，成功地对遗址出土的早期陶器的年代进行了测定，文章发表在2009年的《美国科学院院刊》上。参与其中的吴小红深受启发，意识到，要解决中国早期陶器的年代问题，需要从考古发掘现场的工作开始，从陶片出土背景，与测年样品的堆积关系，到测年样品的筛选，到实验过程的控制，每个环节都要保证数据信息的准确可靠，而这，需要一个多学科学术团队的共同参与和配合。她和同事张弛教授、曲彤丽博士、美国哈佛大学人类学系欧弗·巴尔-约瑟夫教授、美国波士顿大学考古学系的戈德伯格教授、戴维·科恩博士组成了一个多学科团队，在国家文物局、江西省文物考古研究所和万年县政府的支持和帮助下，对江西万年仙人洞遗址地层剖面进行现场样品采集，开展地层堆积微结构研究和年代研究。
　　对江西仙人洞遗址出土陶器进行年代测定最大的障碍，在于测定的间接性。因为出土的陶器碎片过小，而且含碳量也极少，其中包含的残留物可能是烧制时粘土矿里的碳元素或者后来的食物残留物，碳元素来源的不确定会直接影响测年结果的准确性。需要利用与陶器同出的可测年样品来断定陶器的年代，比如植物种子、动物骨骼、木炭等。由于这一类样品在遗址中是比较容易得到的，所以采集与陶器同出的碳十四测年样品进行间接的年代测定是解决陶器年代问题的有效手段。而其中的问题又在于：所采集的碳十四测年标本的年代是否能够代表陶器的年代？由于时间的久远，仙人洞内的堆积很可能并不是陶器初次埋藏时的原貌，有可能是后来人工作用形成，或者自然作用的参与，甚至受到过某些动物行为的影响。这样形成的二次堆积，即使出土陶器与测年的标本出在同一个单位或是同一个地层当中，也不能说它们是等时的。
　　以这一问题为导向，研究小组来到了仙人洞遗址现场，清理出了洞(东侧和西侧两个以前发掘的剖面进行研究。此次研究在现场的研究过程中就考虑了多学科的介入，比如哈佛大学人类学系欧弗·巴尔-约瑟夫教授具有地质学和考古学双重学科背景，而且具有洞(发掘的丰富经验，具有全球视野，是国际顶级学者；来自波士顿大学考古学系的戈德伯格教授则是研究地层微形态学和矿物学等方面的国际一流学者；戴维·科恩博士精于考古文献、特别是东南亚考古资料；而北京大学的学者们更是兼顾了新旧石器考古和年代学的结合。
　　本次研究的重点在于弄清遗址的堆积过程和解决陶片的年代问题，考虑到对遗址的保护，团队以最小破坏遗址为原则，没有再做现场发掘，而是有选择地在剖面上采集了地层微结构样本，并在现场剖面观察“透镜体状”堆积，采集测年标本。地层微结构样本被带到了美国，在波士顿大学考古系实验室完成了从样本制备到显微镜观察分析研究的全过程，研究证实以前发掘的考古地层是人类活动形成的原生堆积，不存在自然过程或者后期活动的扰乱，动物活动的尺度很小，不足以影响到样品脱层移动。同时根据遗迹现象采集碳十四测年样本，可以有效地保证测年样本与陶片的地层等时关系，同时根据地